Atlas Oncológico Omica
Cohortes oncológicas de alta diversidad genética.
Tejido tumoral vinculado a patología digital, genómica y seguimiento clínico en América Latina.
- 01 Histopatología digital
- 02 Genómica somática
- 03 Transcriptómica
- 04 Proteómica espacial
- 05 Registro clínico longitudinal
- 06 Genética poblacional y ancestría
Caracterización tisular
Un solo bloque de tejido. Múltiples capas moleculares y clínicas.
Cada nivel analítico proviene del mismo bloque de parafina y del expediente clínico verificado, eliminando errores de correlación.
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01
Histopatología
Digitalización completa a 40x en tinciones de rutina con hematoxilina y eosina e inmunohistoquímica. Segmentación nuclear profunda con extracción de más de 630 parámetros morfométricos por célula.
SVS · NDPI · DICOM WSI
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02
Genómica
Secuenciación de exoma completo (WES) y paneles oncológicos dirigidos para la identificación de mutaciones somáticas y variaciones en el número de copias (CNV).
FASTQ · VCF anotado
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03
Transcriptómica
Secuenciación de ARN global (bulk RNA-seq) y transcriptómica con resolución espacial georreferenciada a las coordenadas de la laminilla.
Matrices de conteo génico · archivos espaciales
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04
Proteómica
Inmunofluorescencia múltiplex y proteómica espacial con cuantificación de niveles de expresión proteica a nivel unicelular.
Intensidades normalizadas por marcador y célula
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05
Registro clínico longitudinal
Información clínica detallada: esquemas de tratamiento oncológico, respuesta terapéutica por criterios RECIST, periodos libres de progresión, intervalos de recurrencia y supervivencia global.
Datos disociados conforme a la normativa sanitaria y de protección de datos personales aplicable
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06
Representación poblacional y ancestría
Cohortes con una mediana del 65% de componente genético amerindio (ancestría nativa americana), resolviendo vacíos críticos de representatividad en TCGA y en las bases genómicas internacionales.
Red de patología hospitalaria en continua expansión
Modelos de acceso
Entrene modelos con cohortes existentes, valide con datos independientes o solicite colecciones a la medida.
Defina los requisitos de su cohorte por tipo de tumor, estudios requeridos, parámetros de ancestría y desenlaces clínicos de interés.
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01
Cohortes para entrenamiento
Datos multiómicos preparados para modelos de IA, disponibles mediante esquemas de licenciamiento exclusivo o compartido.
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02
Validación independiente
Evalúe sus algoritmos en conjuntos de datos aislados y nunca publicados, garantizando pruebas objetivas y confiables.
Cómo opera la validación independiente -
03
Colecciones a la medida
Defina criterios de histología, tratamientos previos o desenlaces clínicos específicos para recolección prospectiva en nuestra red hospitalaria.
Marco ético y normativo
Datos anónimos y con respaldo ético para el desarrollo de nuevos fármacos e IA.
- Consentimiento informado
- Protocolos respaldados por consentimiento informado amplio para investigación biomédica, supervisados por comités de ética en investigación hospitalarios debidamente acreditados.
- Protección y disociación
- Expedientes clínicos y datos demográficos desidentificados y disociados en estricto cumplimiento con la normativa sanitaria aplicable en materia de protección de datos personales.
- Licenciamiento comercial
- Esquemas jurídicos estructurados para proyectos de investigación básica o para la generación y registro de propiedad intelectual algorítmica.
- Cómputo federado in situ
- Infraestructura de cómputo seguro que permite entrenar y evaluar modelos de inteligencia artificial en las instalaciones de origen sin transferencia de datos crudos fuera del entorno autorizado.
- Cohortes para evaluación ciega
- Especímenes y perfiles aislados bajo controles de acceso estrictos para evitar la contaminación de pruebas de desempeño (data leakage).
Integración clínica
Un atlas oncológico que crece con la práctica médica diaria.
Los laboratorios de nuestra red procesan biopsias y piezas de resección quirúrgica diariamente en PRISMA. Los casos que cuentan con consentimiento informado se integran al Atlas tras su caracterización multiómica, garantizando un repositorio en crecimiento constante y la capacidad de recolección prospectiva.
Licenciamiento de datos
Preguntas frecuentes
¿Qué formatos de datos se entregan al licenciar una cohorte?
Las imágenes de patología digital se proporcionan en formatos estándar SVS, NDPI o DICOM WSI, acompañadas de matrices morfométricas y segmentación unicelular. Los datos genómicos se entregan en archivos FASTQ crudos y VCF anotados. En transcriptómica, se facilitan matrices de expresión génica y mapas de coordenadas espaciales. La proteómica incluye intensidades normalizadas por célula. Los historiales clínicos se encuentran disociados conforme a la normativa sanitaria aplicable. Si existen restricciones para la transferencia física de datos, se habilitan entornos de cómputo federado.
¿Cuál es el tiempo promedio de entrega de una cohorte disponible?
Para cohortes disponibles en el inventario actual del Atlas, la preparación, control de calidad y transferencia se completan en un plazo de 2 a 4 semanas tras la firma del convenio de licenciamiento. Las recolecciones prospectivas se apegan al cronograma definido durante el diseño del protocolo.
¿Las cohortes cuentan con autorización para el desarrollo comercial de modelos de IA?
Sí. Las licencias comerciales otorgan facultades plenas para el entrenamiento, validación y despliegue de algoritmos propios y herramientas diagnósticas de uso comercial.
¿Es posible convenir exclusividad sobre una cohorte determinada?
Sí. Se pueden establecer acuerdos de licenciamiento exclusivo que reservan cohortes específicas o subpoblaciones definidas para su institución, acotadas a determinadas indicaciones terapéuticas y periodos determinados.
¿Qué alternativas existen si las políticas institucionales restringen la transferencia de datos?
Omica ofrece entornos de aprendizaje federado en contenedores seguros. El equipo técnico del cliente ejecuta su código de entrenamiento o validación directamente en nuestra infraestructura local protegida, exportando únicamente los pesos de la red neuronal y las métricas de desempeño resultantes.
¿Cómo opera la evaluación ciega en cohortes independientes (held-out benchmarking)?
Las cohortes de validación ciega se custodian en almacenamiento restringido, sin contacto con datos de dominio público ni flujos de entrenamiento previos. El contenedor con el modelo del cliente se ejecuta sobre este conjunto independiente, generando un informe de desempeño objetivo y libre de sesgos de contaminación.
¿Omica puede recolectar prospectivamente cohortes de neoplasias raras o específicas?
Sí. Nuestra red hospitalaria activa permite el tamizaje y la captación prospectiva de cohortes a la medida, considerando subtipos histopatológicos infrecuentes, perfiles de biomarcadores moleculares determinados o respuestas a esquemas terapéuticos particulares.
¿Cómo se cotiza y estructura el licenciamiento de cohortes?
La inversión depende del número de especímenes, las capas analíticas solicitadas, el grado de exclusividad contractual y los requerimientos de recolección prospectiva. Póngase en contacto con nuestro equipo de alianzas científicas para evaluar las especificaciones de su estudio.